<div dir="ltr">Hello everyone,<div><br></div><div>I have Illumina shotgun sequencing data for a number of Leishmania strains. I&#39;m about to upload the data on to NCBI/Sequence Read Archive and a couple of the strains on to TriTrypDB. </div><div><br></div><div>I have WHO numbers for all.  Two of them, however, I am not familiar with the mammal code and I cannot access this list on <a href="http://leishnet.net" target="_blank">leishnet.net</a>. Would anyone be willing to share the index of mammal codes with me, or tell me what CEB and DAS mammals refer to? I&#39;m assuming DAS is Dasypus... </div><div><br></div><div><br></div><div>It might be of interest to this community that we used these shotgun data to develop a bioinformatics approach that finds phylogenetically informative sites within next-gen datasets when references or a priori information aren&#39;t available. (<a href="http://arxiv.org/abs/1305.3665" target="_blank">http://arxiv.org/abs/1305.3665</a> for those interested...). With the output for the <i>Leishmania </i>dataset, we designed probes (manufactured by Mycroarray, MyBaits-2 kit) for targeted enrichment that captures over 200,000 variable sites within 13,000 contigs from genus-wide conserved regions. We also included probes in the design that tile 3x across 42 genes, as well. We&#39;ve only tested it initially with known strains, L.V. braziliensis and a Crithidia sample; it appeared to work fine preliminarily, i.e. the reads fell on their respective branch within the phylogeny... I mention it here because perhaps this targeted enrichment design will be of interest to someone in the field. Feel free to contact me about it. </div><div><br></div><div>And, thank you for your help with the mammal codes,</div><div><br></div><div>Kelly M. Harkins, Ph.D.</div><div><br></div><div>Postdoctoral Scholar</div><div>UCSC Human Paleogenomics Lab</div><div>Department of Anthropology</div><div>University of California Santa Cruz</div><div>Santa Cruz, CA, 95064, USA</div></div>